2013年8月14日水曜日

BKchemを使って化学構造式を描く

インストール
Arch Linux

$ yaourt -S bkchem pycairo inchi

Ubuntu 13.04 # Ubuntu でインストールされるバージョンは0.13.0のため日本語化されていない
$ sudo apt-get install bkchem

その他のLinux
http://bkchem.zirael.org/download_en.html
より bkchem-0.14.0-pre2.tar.gz をダウンロード
$ tar xzf bkchem-0.14.0-pre2.tar.gz
$ cd bkchem-0.14.0-pre2
$ sudo python setup.py install



初期設定
オプション ---> 環境設定 ---> フォント (Option ---> Standard ---> Font)
"Times New Roman"
を選択

オプション ---> 環境設定 ---> 用紙 (Option ---> Standard ---> Paper)
"エクスポートする時イメージを自動的に切り取る" (Auto crop image in SVG ?)
を選択

保存 ---> OK

これといって難しい操作はないので初めての人でも気軽につかえるでしょう


複雑な構造式を書きたい場合はChemSpiderを利用するのが便利です
http://www.chemspider.com/

適当な化合物名を検索し、目当ての化合物を選びます
Save をクリックしmolファイルをダウンロード
or
SMILESをコピー

ファイル ---> インポート ---> mol ---> ダウンロードしたmolファイルを選択
(File ---> Import ---> molfile ---> ダウンロードしたmolファイルを選択)
or
Chemistry ---> SMILES読み込み ---> ペースト
(Chemistry ---> Read SMILES ---> ペースト)

 左がmolファイルをインポートしたもの、右がSMILESです

molファイルをインポートした方では立体的な構造までちゃんとしていますがSMILESのほうは立体的な構造を考慮してくれません。ついでに形が変なことを多いです。「反転」の機能を使ってある程度まともな形に直せますが面倒です。
単純な構造式ではSMILESでもいいですが、複雑なものの場合molファイル使用をおすすめします。
※SMILESはChemSpiderに限らずWikipediaの各化合物の項目にも載っています。私の周りでのSMILESの知名度は皆無でしたが、PCで構造式を書こうと思ったら知っておいたほうが良いです。楽できます。

PDFで出力
ファイル ---> エクスポート ---> PDF (Acrobat 5.x 形式)

epsで出力
ファイル ---> エクスポート ---> Postscript (cairo)


molファイルはAvogadroでも使えるので3Dでどんな形をしているのかの確認もできます。

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